Ναι, υπάρχει περίπτωση να παίζει ρόλο ο πυρήνας. Βλέπω όμως ότι έχεις 6.12.107+deb13-rt-amd64, δηλαδή τον PREEMPT_RT kernel και όχι τον κανονικό Debian kernel. Ο Debian 13 διαθέτει ξεχωριστά και τον κανονικό 6.12.107+deb13-amd64.
Ο PREEMPT_RT είναι kernel με τροποποιήσεις για real-time λειτουργία, δηλαδή πολύ χαμηλές και προβλέψιμες καθυστερήσεις στις διεργασίες. Δεν είναι ο τυπικός kernel που χρειάζεται ένας συνηθισμένος desktop χρήστης.
Εγώ στη θέση σου θα έκανα πρώτα ένα καθαρό τεστ χωρίς να πειράξω άλλες παραμέτρους: εγκατάσταση του κανονικού kernel, reboot και επιλογή του από το GRUB, αφήνοντας τον RT εγκατεστημένο για να υπάρχει ως εναλλακτική.
Μετά θα το φόρτωνα με τον ίδιο τρόπο που σού προκαλεί τα freezes και θα έβλεπα αν επαναλαμβάνεται.
Αν με τον generic kernel σταματήσουν, τότε έχουμε σοβαρή ένδειξη ότι σχετίζεται με την RT διαμόρφωση. Αν συνεχίσει, ψάχνουμε αλλού.
Για το κατέβασμα της CPU στα 1,2 GHz, προσωπικά δεν θα το χρησιμοποιούσα σαν ένδειξη για πρόβλημα τροφοδοσίας. Δεν μας δίνει καθαρό διαγνωστικό αποτέλεσμα.